EC決済サービス比較｜手数料・入金周期・対応決済の選び方

EC決済サービスは、決済手数料が最も安いサービスを選べばよいわけではありません。 月額費用、入金周期、対応する決済方法、返金操作、不正利用対策、利用しているECカートとの連携まで含めて比較する必要があります。

特に小規模ECでは、手数料率が少し安くても月額固定費が高ければ総コストが増えることがあります。 反対に売上規模が大きくなると、月額費用を払ってでも決済手数料を下げた方が有利になる場合があります。

EC決済サービス主要5社を比較

まず、オンラインショップで比較候補になりやすい代表的な決済サービスを確認します。

以下は2026年8月時点で各社の公式情報を確認した内容です。 料金や入金条件は変更される可能性があるため、実際の申込み時には必ず最新の公式情報を確認してください。

Stripe

Stripeの標準料金では、国内カードの決済成功1件あたり3.6%が基本です。 初期費用や標準プランの月額料金はなく、自社システムへ決済を組み込みたい場合に比較しやすいサービスです。

カードだけでなく、コンビニ決済、PayPay、銀行振込など複数の決済手段を提供していますが、決済方法によって手数料は異なります。

入金については日本では毎日の自動入金は利用できず、アカウント条件に応じて週次・月次などのスケジュールを設定します。

Square

SquareのEC向けオンライン決済は3.6%で、基本的に初期費用はありません。 オンラインショップだけでなく、実店舗の決済やPOSも同じアカウントで管理したい場合に比較しやすいサービスです。

入金先が三井住友銀行またはみずほ銀行の場合は通常入金が翌営業日、その他の金融機関では週次振込が基本となっています。 振込手数料は通常入金では無料です。

PAY.JP

PAY.JPは、売上規模によって料金プランを選べるのが特徴です。

入金周期は月1回または月2回を選択でき、売上振込時には所定の振込手数料がかかります。

Shopify Payments

Shopifyでショップを運営する場合は、Shopify Paymentsを最初の比較候補にできます。 EC注文と決済をShopify管理画面内でまとめて確認しやすいためです。

日本のオンライン標準カード料率は、Shopifyの契約プランによって異なります。 Basic、Grow、Advancedなど、上位プランほどカード料率が低くなる料金構造です。

ただし、決済手数料だけで上位プランへ変更すると月額利用料が増えるため、 Shopifyの月額費用＋決済手数料 で比較してください。

日本のShopify Paymentsでは、支払いスケジュールは週次または月次から選択できます。

KOMOJU

KOMOJUでは、日本円での主要カードブランドの決済手数料が3.25%で案内されています。 初期費用・月額固定費を抑えつつ、カード以外の決済方法も導入したい場合に比較候補になります。

入金周期は週次または月次を選択できます。 週次の場合は毎週金曜日締め・翌週金曜日払い、月次の場合は月末締め・翌月月末払いが基本です。

EC決済サービスは7項目で比較する

サービス名を見る前に、比較項目を統一してください。

決済手数料は月額ではなく年間総額で比較する

手数料率の差は小さく見えても、売上が増えるほど年間金額では差が大きくなります。

例えば年間決済額が3,600万円の場合、単純計算では次のようになります。

3.6%と3.3%では、年間10万8,000円の差になります。

ただし、料率が低いプランに月額料金がある場合は、その固定費を加えなければ正しく比較できません。

固定費あり・なしの損益分岐点を計算する

例えば次の2つの料金プランを仮定します。

• A：月額0円・決済手数料3.5%
• B：月額1万円・決済手数料3.1%

手数料差は0.4%です。

月額固定費1万円 ÷ 0.004 ＝ 250万円

この条件では、月間決済額がおよそ250万円を超えるとBの方が総費用を抑えやすくなります。

実際にはカードブランド別料率やその他の費用もあるため、自社の決済明細を使って計算してください。

入金周期は資金繰りで比較する

決済手数料と同じくらい重要なのが、売上金が銀行口座へ入るまでの期間です。

特に次のようなECでは入金周期の影響が大きくなります。

• 商品を先に仕入れる
• 広告費を毎月支払う
• 物流費が大きい
• 季節商品を大量に仕入れる
• 売上が急成長している

比較するときは「最短○日」だけを見るのではなく、次を確認します。

• 締め日
• 振込日
• 週次・月次などの選択肢
• 利用する銀行による違い
• 休日の場合の扱い
• 振込手数料
• 最低振込金額

対応決済は数ではなく顧客が使う方法で選ぶ

決済方法は、多ければ多いほどよいわけではありません。 使われない決済方法を増やすと、契約・入金確認・返金処理などの管理が増える場合があります。

追加候補を決めるときは、問い合わせ履歴やカゴ落ち状況も確認します。 「PayPayは使えますか」「コンビニ払いはできますか」といった質問が繰り返し発生しているなら、導入を検討する根拠になります。

EC決済サービスは4タイプに分けて考える

ECプラットフォーム内蔵型

Shopify Paymentsのように、ECプラットフォームと一体で利用するタイプです。 注文、決済、返金などを同じ管理画面で扱いやすいことがメリットです。

一方、ECプラットフォーム自体を変更するときには、決済方法も再検討する必要があります。

API・オンライン決済型

StripeやPAY.JPのように、自社ECやシステムへ組み込めるタイプです。

柔軟性を取りやすい反面、実装内容によっては開発担当者が必要です。

ECと実店舗をまとめるタイプ

Squareのように、オンラインと実店舗の決済・売上管理をまとめたい事業者が比較しやすいタイプです。

実店舗とネットショップの両方を運営する場合は、決済だけでなく在庫・顧客・売上情報をどこまで統合できるか確認します。

総合決済代行型

KOMOJUや大規模事業者向けの総合決済サービスでは、カード以外にも複数の決済方法をまとめて導入できます。

ただし、利用条件や審査、各決済方法の料率は異なるため、必要な決済だけを比較してください。

売上規模別にEC決済サービスの選び方を変える

小規模・開業直後

開業直後は、次を優先します。

• 初期費用
• 月額固定費
• 設定の簡単さ
• 主要カードへの対応
• 入金の早さ
• ECカートとの連携

売上がまだ少ない段階では、決済手数料を0.1%下げるために高い月額料金を払うと総コストが増える場合があります。

売上が増えてきたEC

月間決済額が増えたら、次を再計算します。

• 年間決済手数料
• 月額固定費
• 入金周期
• 返金件数
• チャージバック
• 決済方法別利用率

この段階では、固定費を払って決済料率を下げた方が総コストを抑えられることがあります。

大規模EC

取引規模が大きくなったら、料金だけでなく次も重要です。

• 個別料率
• API
• 会計・受注管理との連携
• 担当者権限
• 障害時のサポート
• 不正利用対策
• 海外決済

返金・キャンセルの運用も比較する

決済サービスは、購入時だけ使うものではありません。 返品や注文キャンセルが発生すれば返金処理も必要です。

導入前に次をテストしてください。

• 管理画面から取消できる
• 全額返金できる
• 一部返金できる
• 返金履歴を確認できる
• 返金時の決済手数料の扱いが分かる
• EC側の注文ステータスと連動する

チャージバックと不正利用対策も確認する

高額商品や換金性の高い商品を販売する場合は、決済手数料だけでなく不正利用対策も重視します。

確認項目は次の通りです。

• 3Dセキュアへの対応
• 不正利用検知
• リスク判定
• チャージバック通知
• 証拠資料の提出方法
• 不正利用時の費用

ただし、不正利用対策を厳しくしすぎると正常な購入まで拒否される場合があります。

不正決済だけでなく、 正常な注文がどれだけ拒否されたか も確認してください。

EC決済サービスを選ぶ7つの手順

EC決済サービス比較テンプレート

候補を比較するときは、次の表を自社条件で埋めてください。

EC決済サービス比較のFAQ

まとめ｜EC決済サービスは「安さ」ではなく総コストと資金繰りで選ぶ

EC決済サービスを比較するときは、決済手数料だけを見るのではなく、固定費、入金周期、対応決済、返金、不正利用対策、ECとの連携まで確認します。

まず月間決済額と必要な決済方法を整理し、候補を3サービス程度に絞ってください。 そのうえで年間総コストと入金条件を同じ表へ入れると、自社に合うサービスを判断しやすくなります。

主要サービスの公式情報

• Stripe 料金体系
• Stripe 入金の仕組み
• Square EC・オンライン決済
• PAY.JP 料金体系
• PAY.JP 利用料金・入金サイクル
• Shopify 料金プラン
• Shopify Payments 日本の入金
• KOMOJU クレジットカード決済
• KOMOJU 入金サイクル

料金、入金条件、対応ブランド、審査条件は変更される可能性があります。 契約前には必ず各サービスの最新公式情報と自社に適用される条件を確認してください。